Los efectos del confinamiento geométrico en la dinámica de nadadores individuales y poblaciones de nadadores se están convirtiendo en el centro de atención de varios estudios experimentales y teóricos. Es un problema fundamental ya que los límites dominan el proceso biológico en todas las escalas y tienen, también, un efecto drástico en la autoorganización y su acumulación en las superficies.
Entre los logros en esta materia, realizados en los primeros tres años del Núcleo, destacan la descripción de las propiedades de sistemas bacterianos en condiciones de confinamiento, identificando sus fases termodinámicas y el análisis de los flujos producidos por carpetas de alfombras bacterianas y su posible rol en la nutrición de las mismas.